Bereits zu Beginn des Projektes Ahr 2000 waren Teile des Gebietes mit einer Fläche von ungefähr 700 ha als NSG ausgewiesen. Den größten Anteil hieran hatte mit etwa 650 ha das Naturschutzgebiet "Lampertstal und Alendorfer Kalktriften", das bereits 1984 gesichert wurde. Weitere Schutzgebiete betrafen das untere Nonnenbachtal, die Kalktriften am Froschberg und Seidenbach oder auch die Hoch- und Heidemoore am oberen Eichholzbach.
Mit der Bewilligung des Projektes verbanden der Bund und das Land die Forderung, dass die gesamte Kerngebietskulisse entsprechend den Vorgaben des Bundesnaturschutzgesetzes bis zum Ende der Förderphase als Naturschutzgebiete ausgewiesen wird. Mit der Unterschutzstellung sollte allerdings so lange gewartet werden, bis wesentliche Projektziele umgesetzt und Konflikte mit bestehenden Nutzungen weitgehend minimiert waren.
Ende 2003 setzte der Kreis Euskirchen im Landschaftsplan Dahlem die Oberläufe von Eichholz- und Nonnenbach verbindlich als NSG fest. Die Bezirksregierung Köln führte die Ausweisungen von Naturschutzgebieten in 2004 fort und erlies weitere fünf ordnungsbehördliche Verordnungen zum Schutz der übrigen Teilgebiete des Kerngebietes. Abgeschlossen wurden die Verfahren in 2005 mit der Ausweisung des Vogelschutzgebietes "Ahrgebirge", Teilfläche NRW.
Im Rahmen der Schutzgebietsabgrenzungen erfolgten auch Arrondierungen schutz-
würdiger Flächen, die bei Projektbeginn nicht mit in die Förderkulisse aufgenommen worden waren. Die Gesamtfläche umfasste danach mehr als 3.000 ha.
Zwischenzeitlich hat der Kreis Euskirchen mit der Rechtskraft der Landschaftspläne Dahlem und Blankenheim die bisherigen NSG-Verordnungen in inhaltsgleiche Festsetzungen umgewandelt. Plantexte und Kartenwerke hierzu finden Sie in der Rubrik Landschaftsplanung
